Por estas razones, en 1989, la Comunidad en base a la Directiva Europea de conservación de las aves silvestres (más conocida como Directiva Aves), declara la Zona de Especial Protección para las Aves (ZEPA) denominándola Encinares de los ríos Cofio y Alberche. Más tarde, en 1998, en base a la Directiva Europea de conservación de los hábitats naturales y de la fauna y flora silvestres (más conocida como Directiva Hábitats), el Gobierno regional aprobó la propuesta de lugares de importancia comunitaria (LIC) de la Comunidad de Madrid, para su inclusión en la Red Natura 2000. Dentro de esta lista se incluía la ZEPA por lo que también pasa a denominarse LIC de las “Cuencas de los ríos Cofio y Alberche”

Estas circunstancias obligan al Gobierno regional a aplicar la normativa de estas Directivas en la gestión del territorio protegido a nivel europeo. Igualmente, el hecho de que España sea miembro de la Unión Europea, obliga a todas las Comunidades Autónomas, incluida Madrid, a cumplir con la normativa aprobada por la Unión Europea, entre otras la Directiva relativa a la evaluación de las repercusiones de determinados proyectos públicos y privados sobre el medio Ambiente, al igual que la Directiva relativa al acceso del público a la información medioambiental.

Sin embargo, según la queja interpuesta por Ecologistas en Acción, la Comunidad de Madrid no está aplicando ninguna de estas Directivas en la tramitación y aprobación del proyecto de desdoblamiento de la carretera M-501.

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